연말정산은 근로자의 소득과 지출을 회사에 증명하는 과정이지만, 종교 단체 기부금 내역, 특정 질환의 의료비 지출, 노조 회비 등 개인의 사생활과 직결된 민감정보가 회사 담당자에게 노출되는 것을 원치 않는 경우가 많습니다.
이를 해결하기 위해서는 국세청 홈택스에서 ‘자료 삭제’ 기능을 활용하거나, 회사 제출 단계에서 해당 항목을 제외한 뒤 5월 종합소득세 신고 시 본인이 직접 신고하여 환급받는 전략이 필요합니다.
1. 회사에 민감정보를 숨겨야 하는 이유와 두 가지 대응 전략
회사는 근로자의 연말정산 서류를 검토하는 과정에서 근로자의 종교, 질병 이력, 정치적 성향 등을 본의 아니게 파악하게 될 수 있습니다. 이를 방지하기 위한 전략은 크게 두 가지입니다.
1-1. 전략 1: 홈택스에서 ‘자료 삭제’ 후 제출
연말정산 간소화 서비스 단계에서 특정 항목이나 특정 기관의 자료가 조회되지 않도록 영구 삭제하거나 제공 동의를 취소하는 방법입니다.
1-2. 전략 2: 연말정산 시 제외하고 ‘5월에 직접 신고’
회사에는 민감한 항목(예: 종교 기부금)을 뺀 채로 일반적인 자료만 제출하여 1차 정산을 마칩니다. 그 후 5월 종합소득세 신고 기간에 본인이 직접 누락된 항목을 추가해 국세청으로부터 직접 환급받는 방식입니다. 이 방식이 사생활 보호 측면에서 가장 확실합니다.

2. 홈택스를 통한 민감정보 차단 및 삭제 방법
국세청 홈택스에서는 개별 항목에 대해 자료 제공을 막을 수 있는 세밀한 기능을 제공합니다.
2-1. 특정 항목 또는 전체 자료 삭제하기
간소화 서비스 화면에서 특정 병원이나 종교 단체의 내역이 보이지 않게 삭제할 수 있습니다.
- 경로: 홈택스 → 연말정산 간소화 → [조회한 항목 삭제] 또는 [자료 삭제 서비스]
- 특징: 한 번 삭제된 자료는 국세청에서도 복구할 수 없으므로, 나중에 공제받으려면 반드시 해당 기관에서 영수증을 종이로 직접 발급받아 두어야 합니다.
2-2. 의료비 내역 중 특정 기관 자료만 차단하기
질병 정보가 담긴 특정 병원의 의료비만 골라 숨길 수 있습니다.
- 경로: 의료비 항목 조회 → 해당 병원 선택 → [내역 삭제 신청]
- 주의: 이 경우 회사에 제출하는 PDF 파일에서도 해당 병원의 결제 내역이 사라집니다.
3. 사생활 보호를 위한 가장 추천하는 방법: 5월 직접 신고
회사 담당자에게 서류 자체를 보여주기 싫다면, 연말정산 기간에는 해당 항목을 아예 제출하지 않는 것이 좋습니다.
3-1. 5월 종합소득세 신고 활용 절차
- 1~2월 연말정산: 민감한 자료(종교 기부금, 특정 의료비 등)를 제외하고 회사에 서류를 제출합니다.
- 5월 1일~31일: 국세청 홈택스에 접속하여 [종합소득세 신고] – [근로소득자용 정기신고] 메뉴로 들어갑니다.
- 항목 추가: 회사에서 신고된 내역을 불러온 뒤, 내가 따로 챙겨둔 민감정보 공제 항목을 직접 입력합니다.
- 환급: 환급금은 회사 급여 통장이 아닌, 내가 지정한 본인 명의 계좌로 국세청이 직접 입금해 줍니다.
3-2. 이 방식의 장점
- 회사는 근로자가 5월에 별도로 신고했는지 알 수 없습니다.
- 종교 활동이나 질병 이력을 회사 동료나 상사에게 노출할 위험이 전혀 없습니다.

4. 자주 묻는 연관 질문 (FAQ)
4-1. 종교 기부금 자료를 삭제하면 아예 공제를 못 받나요?
아니요, 그렇지 않습니다. 홈택스에서 삭제하는 것은 ‘회사에 제출할 간소화 자료’에서 지우는 것입니다. 나중에 5월에 본인이 직접 신고할 때 해당 종교 단체에서 직접 발급받은 [기부금 영수증]을 증빙 서류로 첨부하면 정상적으로 세액공제를 받을 수 있습니다.
4-2. 부양가족의 민감한 의료비 내역도 숨길 수 있나요?
네, 가능합니다. 부양가족(부모님, 배우자 등)이 본인의 공인인증서로 홈택스에 접속하여 [자료 제공 동의 취소]를 하거나 특정 내역을 삭제하면, 근로자의 연말정산 자료에 해당 내역이 뜨지 않습니다.
4-3. 5월에 직접 신고하면 가산세가 붙거나 불이익이 있나요?
아니요, 세금을 더 내는 것이 아니라 공제를 추가로 신청하는 것(환급)이기 때문에 가산세는 전혀 붙지 않습니다. 오히려 정당한 권리를 행사하는 구제 절차이므로 안심하고 진행하셔도 됩니다.
5. 결론: 실속과 사생활, 두 마리 토끼를 다 잡으세요
연말정산은 돈 문제인 동시에 개인정보 문제입니다. 회사에 나의 사생활을 낱낱이 공개할 의무는 없습니다. 민감한 정보는 홈택스 삭제 기능을 쓰거나 5월 직접 신고를 활용하여 똑똑하게 방어하세요. 12월이 가기 전, 삭제할 항목이 있는지 미리 확인하고 5월에 제출할 영수증을 별도로 챙겨두는 준비가 필요합니다.
최종 행동 계획:
- 내역 모니터링: 1월 중순 간소화 서비스가 열리면 가장 먼저 내역을 훑어보고 회사에 알리고 싶지 않은 항목이 있는지 선별하세요.
- 증빙 영수증 확보: 회사 제출용 PDF에서 삭제할 항목이 있다면, 해당 기관(종교 단체, 병원 등)에 미리 연락하여 5월 신고용 종이 영수증을 따로 받아두세요.
- 개인정보 보호를 위한 연말정산 자료 삭제 방법과 5월 종합소득세 신고 매뉴얼은 국세청 홈택스 – 개인정보 보호 안내에서 상세히 확인하실 수 있습니다.

![[2025년]-사회-초년생-월세-세액공제-놓치지-않는-3가지-필수-서류와-공제율](https://itstheradio.com/wp-content/uploads/2025/12/2025년-사회-초년생-월세-세액공제-놓치지-않는-3가지-필수-서류와-공제율-300x300.webp)
![[2025년]-무주택자-주택청약-통장-소득공제-최대- 한도와-필수-증빙-서류](https://itstheradio.com/wp-content/uploads/2025/12/2025년-무주택자-주택청약-통장-소득공제-최대-한도와-필수-증빙-서류-300x300.webp)
